Se connecter
Chargement ...

Culturomics microbienne, une nouvelle approche de la biodiversité appliquée aux microbes humains.

Publié le
Lundi 29 Octobre 2012 à 16:30

5 septembre 2012 

Communiqué de Presse 
Culturomics microbienne, une nouvelle approche de la biodiversité appliquée aux microbes humains.


Ces dernières années ont vu triompher les techniques d’identification moléculaire pour décrire les
microbes de notre environnement et ceux associés à nos muqueuses dont le tube digestif.
Dans un travail réalisé par le laboratoire du Pr Raoult, (CNRS 7278, INSERM 1095, IRD 198, Aix
Marseille Université) et publié dans Clinical Microbiology Infection (1), une nouvelle approche par
culture est décrite qui donne des résultats particulièrement surprenants. L’objectif initial de ce travail
était de montrer que si 80 % des microbes détectés par technique moléculaire n’étaient pas
susceptibles d’être cultivés par les techniques microbiologiques, nous pouvions inventer une nouvelle stratégie appelée culturomics qui permettrait de cultiver des espèces bactériennes dont 80% ne seraient pas détectées par les techniques moléculaires actuelles. Ce résultat a été atteint grâce à l’association de l’utilisation de plus de 200 techniques de cultures, une identification rapide utilisant les outils récemment développés de spectrométrie de masse (MALDI-TOF) et une confirmation par les techniques moléculaires qu’un certain nombre d’espèces étaient inconnues. Ce travail a permis d’identifier 31 nouvelles espèces bactériennes à partir du tube digestif soit 40% des espèces bactériennes identifiées dans le tube digestif des humains ces dix dernières années.
Cette technique de culturomics a permis d’obtenir 3 records du monde parmi les microbes d’origine
humaine : le plus grand virus géant jamais isolé chez un homme, Senegalvirus, proche d’un virus déjà
décrit dans l’unité Marseillevirus, qui a un génome de 372 Kb, la bactérie ayant le plus grand génome
jamais isolé chez un homme que nous avons appelé Microvirga massiliensis avec un génome de 9,35Mb.
Enfin ce développement des techniques de culture avait permis préalablement en association avec une équipe de Luminy, d’isoler l’Archae ayant aussi le plus grand génome parmi les prélèvements humains Methanomassiliicoccus luminyensis, 2,6 Mb (2). Cette technique de culture est une ressource
considérable, car seulement 15 % des 340 espèces cultivées ont été identifiées dans le même temps
par les techniques de métagénomique utilisées actuellement dans l’analyse des selles. Enfin, l’obtention de souches en culture pure a permis de séquencer le génome complet de toutes ces nouvelles espèces dont six sont déjà publiées.
Notre conclusion est que la culturomics microbienne est un nouveau champ qui vient compléter les techniques moléculaires et donner un autre aspect de la composition des populations microbiennes qui habitent l’homme et les environnements, incluant les virus géants, les Archaea, et les bactéries.


Professeur Didier RAOULT
Unité des Rickettsies
Faculté de Médecine
27, boulevard Jean Moulin
13385 MARSEILLE Cedex 05
Tel: 33 4 91 32 43 76
Mail : [email protected]


Reference List
(1) Lagier JC, Armougom F, Million M, Hugon P, Pagnier I, Robert C, et al. Microbial culturomics: paradigm
shift in the human gut microbiome study. Clinical Microbiology and Infection 2012;in press.
(2) Gorlas A, Robert C, Gimenez G, Drancourt M, Raoult D. Complete Genome Sequence of
Methanomassiliicoccus luminyensis, the Largest Genome of a Human-Associated Archaea Species. J
Bacteriol 2012 Sep;194(17):4745.

Commentaires
Ajouter un commentaire

Articles Suggérés
Dernières notifications du site
a mis à jour le réseau Centre Hospitalier JEAN PIERRE FALRET
 
il y a 45 min
a créé un nouveau document
 
 
vient de créer un nouveau réseau Centre Hospitalier JEAN PIERRE FALRET
 
a créé un nouveau document
 
il y a 1 heure
a mis à jour le réseau CH du Nord-Mayenne
 
il y a 1 heure
a mis à jour le réseau CH du Nord-Mayenne
 
il y a 2 heures
a créé un nouveau document
 
  • 1/1
Fédération Hospitalière de France
Fédération des Etablissements Hospitaliers & d'Aide à la Personne
resah idf
UniHA
What's Up Doc, partenaire de Réseau Pro Santé
Vidal.fr - La base de données en ligne des prescripteurs libéraux